Gambar 3.

1 Visualisasi
Band DNA Fingerprinting.

f(x) = 0
R² = 0 Kurva Standar
2.5
f(x) = − 0.95 x + 2.38
2 R² = 1

1.5 BM standar
Log BM

Linear (BM standar)

1 BM yang dicari
Linear (BM yang dicari)
0.5

0
0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9
RF

Gambar 3.2 Kurva Standar.

Tabel 3.1 Penentuan Berat Molekul.
Rf (x) log BM (y) Antilog y (BM)
0,037879 2,3482886 222,9916681
0,068182 2,3194795 208,6793837
0,219697 2,1754341 149,7731938
0,25 2,146625 140,1602941
0,371212 2,0313886 107,4950922
0,560606 1,8513318 71,01201206
0,704545 1,7144886 51,8189533
0,825758 1,5992523 39,74223369
Tabel 3.2 Matriks n x t.
K/I A B C D E F G
1 - + + - - - -
2 + + - - - - -
3 - + - - + + +
4 + - + - + + +
5 - + - + + - -
6 - - - - - - -
7 - - - - + - -
8 - - - - + - -
9 + - - - + - -
10 - - + + - - -
11 - - + + - + +
12 - - - - + - -
13 - - + + - - -

Tabel 3.3 Matriks Indeks Similaritas Berdasarkan Simple Matching Coefficient.

A B C D E F G
A 1
B 0,615 1
C 0,538 0,462 1
D 0,462 0,538 0,769 1
E 0,538 0,462 0,231 0,308 1
F 0,692 0,615 0,692 0,615 0,538 1
G 0,692 0,615 0,692 0,615 0,538 1 1

Tabel 3.4 Matriks Node Berdasarkan Simple Matching Coefficient.

Objects in
Node Group 1 Group 2 Simil.
group
1 F G 1 2
2 C D 0,769 2
3 A Node 1 0,692 3
4 Node 3 B 0,615 4
5 Node 4 Node 2 0,577 6
6 Node 5 E 0,436 7
Tabel 3.5 Perbandingan Antara Node dengan Indeks Similaritas dan Koefisien
Korelasinya.
Node Anggota Sorted Unsorted Koefisien
1 FG 1 1 78,61022
2 CD 0,769 0,769
3 AF 0,692 0,692
AG 0,692 0,692
4 AB 0,615 0,615
FB 0,615 0,615
GB 0,615 0,615
5 AC 0,577 0,538
AD 0,577 0,462
BC 0,577 0,462
BD 0,577 0,538
FC 0,577 0,692
FD 0,577 0,615
GC 0,577 0,692
GD 0,577 0,615
6 AE 0,436 0,538
BE 0,436 0,462
CE 0,436 0,692
DE 0,436 0,308
FE 0,436 0,538
GE 0,436 0,538

Tabel 3.6 Matriks Indeks Similaritas Berdasarkan Jaccard's Coefficient.

A B C D E F G
A 1
B 0,167 1
C 0,143 0,125 1
D 0 0,143 0,5 1
E 0,25 0,222 0,091 0,1 1
F 0,2 0,167 0,333 0,167 0,25 1
G 0,2 0,167 0,333 0,167 0,25 1 1
Tabel 3.7 Matriks Node Berdasarkan Jaccard's Coefficient.
Objects in
Node Group 1 Group 2 Simil.
group
1 F G 1 2
2 C D 0,5 2
3 A E 0,25 2
4 Node 2 Node 1 0,25 4
5 Node 3 B 0,194 3
6 Node 5 Node 4 0,153 7

Tabel 3.8 Perbandingan Antara Node dengan Indeks Similaritas dan Koefisien
Korelasinya.
Node Anggota Sorted Unsorted Koefisien
1 FG 1 1 94,60976
2 CD 0,5 0,5
3 AE 0,25 0,25
4 CF 0,25 0,333
CG 0,25 0,333
DF 0,25 0,167
DG 0,25 0,167
5 AB 0,194 0,167
EB 0,194 0,222
6 AC 0,153 0,143
AD 0,153 0
AF 0,153 0,2
AG 0,153 0,2
EC 0,153 0,091
ED 0,153 0,1
EF 0,153 0,25
EG 0,153 0,25
 UPGMA
E
D
C
B
G
F
A
0,4 0,5 0,6 0,7 0,8 0,9 1

Simple Matching Coefficient

Gambar 3.3 Dendogram Hasil UPGMA Dengan Metode Simple Matching Coefficient.

UPGMA
G
F
D
C
B
E
A
0,04 0,2 0,36 0,52 0,68 0,84 1

Jaccard's Coefficient

Gambar 3.4 Dendogram Hasil UPGMA Dengan Metode Jaccard’s Coefficient.